De geschiedenis van de Hervormde Gemeente Zierikzee is nauw verbonden met de ontwikkeling van de stad Zierikzee en de religieuze stromingen die zich in Nederland hebben voorgedaan. De oorsprong van de gemeenschap ligt in de bouw van een kapel in de 15e eeuw, die deel uitmaakte van een gasthuis gesticht in de 14e eeuw. Dit gasthuis bood onderdak aan arme vreemdelingen op doorreis en behoeftige zieken.
Vroege Ontwikkelingen en de Reformatie
Na de Reformatie werd de kerk in 1587 eigendom van de Waalse Hervormde gemeente. In 1651 onderging de kerk een significante uitbreiding met de toevoeging van een galerij, gedreven door de groeiende behoefte aan meer ruimte. De eerstesteenlegging voor deze uitbreiding vond plaats op 2 juni 1651, en de bouw werd voltooid in 1652. De galerij diende tevens als onderkomen voor de Korenbeurs. Ter verfraaiing werd in 1653 het wapen van Zierikzee, geflankeerd door een zeemeerman en een zeemeermin, op de voorgevel aangebracht.
Architectuur en Interieur
De kerk beschikt over een schip met zeven traveeën daterend uit de 14e eeuw. In 1651 werd aan de zuidzijde een overwelfde, brede gaanderij toegevoegd. Zowel het schip als de gaanderij werden bedekt met houten tongewelven. Op het dak, aan de westzijde, bevindt zich een zeskantig koepeltorentje met een bijpassende spits.
Het interieur van de kerk kenmerkt zich door een preekstoel met een kuif uit de 17e eeuw. De regentenbanken tegenover de kansel stammen eveneens uit de 17e eeuw.
Orgelgeschiedenis
De geschiedenis van orgels in de kerk is divers. In 1854 werd experimenteel een kabinetorgel geplaatst, dat echter het jaar daarop alweer werd verwijderd. Rond 1875 werd een gehuurd kabinetorgel geleverd, gebouwd in 1847 door Stulting & Maarschalkerweerd. Op 25 december 1887 werd een nieuw orgel aangekocht, vervaardigd door de firma L. van Dam & Zonen uit Leeuwarden.
Pas in 1912, na veel discussie binnen de kerkenraad en op aandringen van gemeenteleden, werd een kerkorgel aangeschaft. Dit volgde op een periode waarin gemeentezang tot die tijd begeleid werd door een voorzanger, en het zingen soms chaotisch verliep.
De Afscheiding en de Ontwikkeling van de Gemeente
Belangrijk voor de vorming van de gemeente in Zierikzee was het werk van ds. H.J. Buddingh, predikant te Biggekerke, die gold als de vader van de Afscheiding in Zeeland. In 1836 kwamen 28 personen bijeen als "bezwaarden". In oktober 1841 diende een verzoek tot erkenning van de gemeente, die toen 36 leden telde, bij de koningin. Dit verzoek werd op 25 november 1841 ingewilligd.
Onder de naam Christelijke Afgescheiden Kerken werden kerkdiensten gehouden in een pand aan de Meelstraat, dat later een fietsenzaak werd. De eerste voorganger, "oefenaar" Johan Willem Vijgeboom, leidde de diensten. De pastorie aan de Meelstraat 37 werd in 1857 aangekocht en betrokken door de eerste predikant, ds. A.F. ...
Groei en Verhuizingen
Sinds 1863 werden in een gebouwtje aan de St. Domusstraat evangelisatiebijeenkomsten gehouden onder de naam "Vereniging 'Toevlucht'". Deze gemeenschap kreeg een steeds meer kerkelijk karakter en sloot zich in 1878 aan bij de Christelijke Gereformeerde Kerk, waarbij de bijeenkomsten in de St. Domusstraat bleven plaatsvinden.
De Doleantie (1886-1892) leidde tot aansluiting bij de Gereformeerde Kerken in Nederland. Ds. J. Wisse was predikant van 1906 tot 1920. In 1909 werd het kerkgebouw uitgebreid door de aankoop en samenvoeging van een aangrenzend pakhuis, waardoor het aantal zitplaatsen steeg tot circa 600.
In 1917 werden twee panden aan de Meelstraat gekocht. Na een samenvoeging en verbouwing in 1920 diende dit gebouw als consistorie met een bovenwoning voor de koster. Vanwege een tekort aan zitplaatsen in het kerkgebouw werd in 1924 besloten tot nieuwbouw op de hoek van de Minderbroederstraat en Zevengetijstraat. De eerste steen werd in datzelfde jaar gelegd door ds. S. van der Molen. Eind 1924 werd het kerkgebouw aan de Meelstraat verkocht, en in maart 1925 werd het nieuwe kerkgebouw aan de Minderbroederstraat in gebruik genomen.
Kerkelijke Ontwikkelingen in de 20e Eeuw
De periode van de Tweede Wereldoorlog is deels gedocumenteerd door de felle verzet van ds. H. Hoogendoorn tegen de bezetter. De kerkenraad verzocht andere kerkenraden om gezinnen uit Zierikzee op te nemen.
Ds. M. van der Klis was verbonden aan de gemeente van 1948 tot 1964. Eind 1951 werd geconstateerd dat het orgel versleten was. Op instructie van de kerkenraad van Zierikzee werd voorgesteld om Christelijke Gereformeerde Kerken te stichten in Haamstede en Kerkwerve.
Vanwege verzakkingen en bouwkundige gebreken aan het kerkgebouw aan de Minderbroederstraat werd in 1960 besloten tot de bouw van een nieuwe kerk met bijbehorende faciliteiten op de hoek van de Zevengetijstraat en de Marisstraat. De bouw vond plaats van januari 1964 tot september 1965.
In de periode van ds. P. op den Velde werd overgegaan op ritmisch zingen, en het 'station' Nieuwerkerk werd opgeheven. Ds. W. van Dijk was de eerste predikant in bijzondere dienst, opgevolgd door drs. J.L.C. Boertjens in 1973. De laatste predikant in bijzondere dienst in Israël was Drs. C.J. van den Boogert (1995-2000).
Ds. B. de Graaf diende de gemeente van 1978 tot 1989. Door groei van het aantal leden ontstond de behoefte aan een tweede predikant.
Recente Ontwikkelingen
Op 1 maart 2003 werd een pand aan de Zandweg aangekocht voor verenigingsactiviteiten, maar dit werd in 2008 verkocht vanwege vergunningsproblemen. Ds. H.J.Th. ... werd in 2006 opgevolgd door Ds. G.J.H. Vogel.
Na een grondige verbouwing van de pastorie aan de Meelstraat in 2007, nam Ds. G.J.H. Vogel in 2012 een beroep aan naar Dordrecht-Zuid. In 2013 onderging het kerkgebouw een ingrijpende verbouwing. Op 5 juli 2015 werd Ds. J. van Langevelde verwelkomd als nieuwe predikant.
Vanaf 1 januari 2023 vormen de kerken van Zierikzee en Brouwershaven (voorheen GKV) één gemeente, en is de samenwerking met de gemeente van Haamstede geïntensiveerd. In 2024 heeft Ds. J. van Langevelde een beroep aangenomen naar de Betelkerk in Veenendaal.