De tegenwoordige kerk van Uithuizen, in aanleg gebouwd tussen 1225 en 1250, heeft waarschijnlijk een voorganger gehad die van tufsteen was opgetrokken. Dit wordt gesuggereerd door het feit dat de parochie Uithuizen al in de elfde eeuw gesticht zou zijn, en de tufstenen onderbouw van de toren dateert van vóór 1200. De kerk zelf is het resultaat van zes eeuwen bouwen en verbouwen. De oorspronkelijke laatromaanse kerk, gebouwd in de eerste helft van de 13e eeuw, was een recht gesloten zaalkerk met drie traveeën en koepelgewelven. Kenmerkend voor de regio was deze romaanse stijl. De tufstenen onderbouw van de toren wijst op een voorganger van vóór 1200. Jarenlang werd gedacht dat Jacobus de Meerder de patroonheilige was, waardoor de kerk bekend stond als de Jacobikerk. Recent onderzoek suggereert echter dat de heilige Dionysius de oorspronkelijke patroonheilige was, en de kerk daarom ook wel de Dionysiuskerk wordt genoemd.
Bouwfasen en Uitbreidingen
De kerk van Uithuizen is een complex bouwwerk dat in verschillende periodes is uitgebreid en aangepast. De oorspronkelijke kerk had smalle spitsboogvensters, geflankeerd door blinde nissen, waarvan sommige nog steeds zichtbaar zijn. In de 15e eeuw werd het gotische koor gebouwd, bestaande uit een smalle travee en een driezijdige sluiting met grote spitsboogvensters. Gelijktijdig werden ook de vensters in het schip vergroot. In het midden van de 16e eeuw verrees aan de noordzijde van de koortravee een laatgotische kapel, eveneens met grote spitsboogvensters. Omstreeks 1550 werd een grote sacristie of kapel tegen de noordzijde van de kerk gebouwd, wederom in gotische stijl. In 1794 vond de bouw van de noorderbeuk plaats, aansluitend op de sacristie, waarna beide onder één kap werden gebracht. In 1793-94 werd de kerk verder uitgebreid met een noordbeuk met twee vierkante traveeën en spitsboogramen. De kapel en de noordbeuk kwamen onder één dak te liggen, en de steunberen aan de zuidzijde van het schip en rond het koor werden verzwaard. In 1696 werd de kerk vergroot met een nieuwe uitleg aan de noordkant, waarbij de bouwstijl van het oude kerkgebouw werd gevolgd. De nieuwe uitleg bestond uit twee gewelven die rustten op een pilaar in het midden, een bouwwerk dat door de landtimmerman Berend Harms in korte tijd werd vervaardigd. In dezelfde periode werden de vensters in het schip aangepast aan de vorm en grootte van de vensters in de noordbeuk. De steunberen aan de zuidzijde en rond het koor werden verzwaard en kregen een afgeschuinde vorm, waarbij de oorspronkelijke vorm nog herkenbaar is.
De Toren
De 33 meter hoge toren van de kerk werd wellicht al in de 12e eeuw gebouwd. Opmerkelijk is dat de toren oorspronkelijk vrij moet hebben gestaan van het kerkgebouw en geen westingang had, vergelijkbaar met de toren van Stedum. Pas later werd een verbinding tussen kerk en toren aangelegd. De kern van de toren bestaat grotendeels uit baksteen en tufsteen, met een ommanteling van secundair verwerkte tufsteen. De buitenhuid van de toren is relatief dun, vooral in het bovenste deel, waar de bekleding soms slechts 10 cm dik is. In de tweede helft van de 17e eeuw werd de toren verhoogd met baksteen. Boven de oorspronkelijke kleine dubbele galmgaten werden grotere galmgaten ingebroken. Tot aan omstreeks 1680 reikte de toren ongeveer tot de hoogte van de kerk. Daarna vond een verhoging plaats, waardoor de toren zijn huidige gedaante kreeg. Op de torenspits bevindt zich geen weerhaantje, maar een zeemeermin, die tevens het symbool is in het gemeentewapen van de voormalige gemeente Eemsmond. Dit symbool staat al ruim 350 jaar op de kerktoren; in 1653 moest de zeemeermin op de toren van Uithuizen worden verguld.
Interieur en Decoratie
Het interieur van de Jacobikerk draagt duidelijke sporen van de invloed van de adellijke familie Alberda van Menkema, die van 1682 tot 1902 de Menkemaborg bewoonden. De door hen aangeschafte meubelstukken, waarvan zij een aanzienlijk deel van de kosten betaalden, weerspiegelen hun macht, invloed en rijkdom. Bij binnenkomst vallen de stenen gewelven en de fraaie 15e-eeuwse beschilderingen in het koorgewelf op. De koepelgewelven hebben lage muraalbogen en kruisribgewelven in de zijbeuk en het koor. In het koorgewelf zijn schilderingen te zien van onder andere de wedergeboorte van Christus op de regenboog, de Pelikaan, Adam en Eva, Sint Jacob en Sint Catharina. De oudste schildering in de kerk is een afbeelding van Sint Catharina van Alexandrië met een rad op de zuidmuur in de koortravee, vermoedelijk uit het einde van de 13e eeuw. De schilderingen op de gewelven in het koor dateren uit circa 1500. Op het zuidelijk gewelfvlak in de koortravee bevindt zich een schildering van Adam en Eva. Aan de noordzijde is een timmerman afgebeeld met zijn gereedschap en aan de zuidzijde Jacobus de Meerdere. Naast de oostelijke gewelfsluiting is een afbeelding van de pelikaan te zien, een symbool van Christus. De wedergeboren Christus op een regenboog in een afbeelding van het Laatste Oordeel is geschilderd op het oostelijk gewelfvlak, geflankeerd door musicerende engelen. De rouwborden van de familie Alberda hangen in de noordbeuk.
Het Herengestoelte en de Preekstoel
Het herengestoelte is ontworpen en vervaardigd in 1703 door Allert Meijer uit Groningen. Het lofwerk wordt eveneens toegeschreven aan Jan de Rijk. De uitbundig bewerkte preekstoel met doophek uit 1713 is vermoedelijk eveneens ontworpen door Allert Meijer en uitgevoerd door zijn schoonzoon Antoni Verborg of Anthoni Verburgh. Het lofwerk is van Jan de Rijk. Op de hoeken van de kuip staan vijf vrouwenfiguren die deugden uitbeelden: voorzichtigheid, gerechtigheid, liefde, hoop, geloof en standvastigheid. De beelden op de hoeken van de kanselkuip symboliseren verschillende deugden: een vrouwenfiguur met slang en spiegel voor voorzichtigheid, een vrouwenfiguur met weegschaal en zwaard voor gerechtigheid, een figuur met kinderen voor liefde, een figuur met een anker voor hoop, en een vrouw met een boek voor geloof en standvastigheid. Op het voorste boogvormige paneel bevindt zich een Vanitasvoorstelling met onder andere een doodshoofd en zandloper. Op de andere panelen zijn de vier evangelisten met hun symbolen afgebeeld. Ook het klankbord is rijk versierd, met de vier evangelisten en putti's, evenals het wapen van de familie Alberda.
Het Orgel
Het huidige orgel is niet het eerste instrument dat in de kerk heeft gestaan. Bekend is dat Theodorus Faber in 1633 een ouder orgel heeft verbouwd, en dertig jaar later heeft Johannes Huis dat orgel vernieuwd. In 1699 bestelde de hervormde gemeente, op initiatief van borgheer Unico Alberda van Menkema, bij Arp Schnitger een orgel met hoofd- en rugwerk voor 1600 Caroli-guldens. Allert Meijer vervaardigde de orgelkassen en de galerij met borstwering voor 900 Caroli-guldens. Beeldhouwer Jan de Rijk verzorgde het snijwerk, waaronder de blindvleugels, guirlandes en beelden. Op het rugwerk houden twee omziende leeuwen het schild met het wapen van de Alberda's. In 1701 werd het nieuwe orgel geleverd. Bekende orgelbouwers zoals Hinsz, Lohman en van Oeckelen hebben in latere jaren diverse werkzaamheden aan het orgel verricht. Het rugpositief is tien jaar geleden gerestaureerd, en momenteel zamelt een speciale stichting geld in om ook het hoofdwerk te kunnen restaureren, waarvoor een bedrag van ruim 500.000 gulden nodig is. Arp Schnitger meldde in zijn aantekeningen dat hij aan de orgels van Uithuizen en de Akademiekerk in Groningen niets verdiend heeft.
De Familie Alberda van Menkema en de Kerk
De bewoners van de Menkemaborg hebben een significante rol gespeeld in de geschiedenis van de kerk. Het wapen van de Menkema's is te vinden op de spits van de toren in de vorm van een zeemeermin. De borg kwam aan het einde van de 16e eeuw in bezit van de familie Clant van Stedum. In 1682 verkocht Johan Clant de borg, inclusief een gestoelte en een grafkelder in de kerk, aan Mello Alberda. Mello Alberda bezat ook Ringeweer, een borg ten zuidoosten van de kerk, die hij eerder had gekocht, samen met een vrouwenbank in de kerk en graven op het kerkhof. De Menkemaborg was aanzienlijk duurder dan Ringeweer. Een rouwbord ter nagedachtenis aan Mello Alberda hangt in de noordbeuk van de kerk. Zijn vrouw Susanna Tamminga's rouwbord is niet meer aanwezig. Unico Allard erfde van zijn vader de borg Menkema en Ringeweer. Begin 18e eeuw huwde hij met Everdina Cornera van Berum. Zowel van Unico Allart als Everdina Cornera zijn de rouwborden bewaard gebleven. De nauwe banden tussen de bewoners van de Menkemaborg en de kerk zijn duidelijk zichtbaar in het interieur. Zowel het orgel als de koorafsluiting met daarboven de herenbank en de preekstoel werden geplaatst door toedoen van Unico Allard Alberda.
Joodse Gemeenschap in Uithuizen
In 1620 gingen er geruchten dat Joden zich in Uithuizen wilden vestigen, en de hervormde kerk probeerde dit tegen te gaan. Veel Joden heeft het dorp echter nooit geteld. Pas in 1738 zijn er twee Joodse families die zich bezighielden met de verkoop van vee en vlees. Tot 1821 maakten de Joden deel uit van de Joodse Gemeente Stedum, daarna behoorden ze tot de Joodse Gemeente Appingedam. In 1880 en 1890 werden pogingen ondernomen om een Joodse Gemeente te stichten. In 1851 en 1860 hielden de Joden synagogediensten in een speciaal daartoe gehuurd huis. In 1887 lieten de Joden ter plaatse een synagoge bouwen, die tot 1930 dienst deed. De Uithuizer Joden begroeven aanvankelijk hun doden op de Joodse begraafplaats in Appingedam. In 1864 verkregen ze een stuk grond van het dorpsbestuur van Uithuizen op de algemene begraafplaats voor hun eigen begraafplaats.
Klokken
De twee luidklokken werden in de oorlog 1940-1945 geroofd en zijn niet teruggekeerd. Twee nieuwe klokken hangen nu op de plaats van de oude.
Restauratie en Fusie
De hervormde Jacobikerk is in de periode 1972-1977 gerestaureerd door hoofdaannemer Harm Bultena uit Uithuizen, onder architectuur van bureau Ir. P.B. De Hervormde Gemeente en de Gereformeerde Kerk van Uithuizen werkten jarenlang samen in SOW-verband, wat resulteerde in een federatievorming in mei 2005. Sindsdien werden de zondagse erediensten gezamenlijk gevierd. Een belangrijke keuze was het overdragen van de Jacobikerk aan de Stichting Oude Groninger Kerken en het gebruik van de Zionskerk met aangrenzende 'De Kandelaar' voor eigen kerkelijke activiteiten. Op 6 juni 2010 werd de fusie bekrachtigd tot de Protestantse Gemeente Uithuizen.