De Begindagen: Afscheiding en Zelfstandigheid (1834-1865)
De polder Anna Paulowna kende een vroege bewoning door een aantal "Afgescheidenen". Deze beweging begon in 1834 in Ulrum, waar ds. de Cock en de kerkeraad de Acte van Afscheiding tekenden, overtuigd van de ontrouw van de Nederlandse Hervormde Kerk aan de gereformeerde belijdenis. Ondanks tegenwerking van de overheid breidde de Afscheiding zich snel uit naar andere plaatsen. De Afgescheidenen, die in 1854 een eigen theologische school in Kampen stichtten, werden in 1869 erkend als Christelijk Gereformeerden. In 1886 volgde de Doleantie, een nog grotere afsplitsing van de Nederlandse Hervormde Kerk.
Een brief van ds. H. op ’t Holt uit Den Helder, gedateerd 2 juni 1863, gericht aan de "broeders en zusters in den Heer te Anna Paulowna", toont de terughoudendheid van de Helderse kerkenraad om een gemeentevestiging in de polder toe te staan. Zij stelden voor om tweewekelijks een voorganger te sturen, terwijl de polders hun zitplaatsen in Den Helder zouden blijven huren en bijdragen aan het tractement van de predikant.
De Afgescheidenen in de polder voelden hier echter weinig voor en verzochten om een zelfstandige gemeente. In een brief van 16 juni 1863 schreven zij: "Zeer waarde Leraar en Kerkeraad. Daar wij uwe letteren hebben ontvangen, en daarover onder malkanderen geraad pleegd, en de één paarige stemmen waren om tot zelfstandige gemeente te worden, zoo is deze tot kennisgeven van ons besluit." Zij klaagden over de grote afstand naar Den Helder, het onvoldoende bediend worden door de predikant en vooral het "niet chiseren (= catechiseren) worden hunner kinderen".
De kerkenraad van Den Helder vond de poldergemeente nog niet zelfstandig genoeg, wegens een gebrek aan financiële en wetenschappelijke middelen. De classis wees het verzoek aanvankelijk af, maar de broeders in de polder vergaderden op zondagen dat er geen voorganger kwam toch zelf. Met het oog op de naderende winter werd besloten een diaken aan te stellen als "gemeentelijke oefenaar" om diensten te leiden en onderwijs te geven. J.H. van Yzendoorn werd aangewezen als diaken, en ouderling Willem Pontier kreeg de taak zich speciaal met de polder te belasten. Hoewel er financiële moeilijkheden bleven, verzochten de polders in 1865 om een eigen kerk te mogen bouwen, wat door de Helderse kerkeraad werd afgewezen.
De polders vaardigden C. Witte af naar de classicale vergadering met het verzoek om een eigen ouderling te mogen hebben "met uitzigt om zelfstandige gemeente te kunnen worden". De houding van de classicale vergadering ten aanzien van de Anna Paulownapolder begon echter te veranderen. In april 1865 werd een commissie benoemd om de mogelijkheden in de polder te onderzoeken.

De Vestiging van een Eigen Kerk en de Eerste Jaren (1866-1880)
Het is waarschijnlijk dat de gemeente in juli of augustus 1865 geïnstitueerd is door ds. Entingh. Cornelis Witte en J. van Yzendoorn werden de eerste ouderlingen, Jacob Dogger en L. de eerste diakenen. Op 20 augustus 1865 werd in Den Helder gecollecteerd voor de kerkbouw in Anna Paulowna, waarbij ook andere kerken in de classis bijdroegen. Op 2e Paasdag 1866 werd het nieuwe kerkgebouw ingewijd.
De gemeente, met ongeveer 120 leden, was niet rijk, maar door grote offervaardigheid slaagden zij erin rente en aflossing te betalen. Een eigen predikant kon er niet van komen, maar student Gruntke werd aangetrokken als "leerende ouderling". Helaas bleek zijn verleden niet onberispelijk, waardoor hij spoedig moest vertrekken. De gemeente moest zich redden met ouderlingen, met name Willem Prins en Maarten Vlaming, die zich intensief bezighielden met catechisatie, zondagsschool, jongelingsvereniging en het leiden van kerkdiensten. De diensten waren meestal leesdiensten, waarbij de preek van een predikant werd voorgelezen.
In de zomer van 1874 vestigde B. Amsing, emerituspredikant van de Christelijke Gereformeerde Kerk, zich in de polder. De kerkenraad verzocht de classis om hem als hulpprediker aan te stellen, maar dit zou hem zijn emeritaat kosten. Amsing werd ouderling, maar dit leidde niet tot een succesvolle samenwerking. In mei 1879 werd gemeld dat zijn aanwezigheid nadelig werkte op de gemeente, met slechte opkomst en gedaalde collectes.
Een moeilijke periode brak aan toen ouderling Willem Prins in 1874 naar Amerika emigreerde. Rond 1880 emigreerden ook andere gezinnen, waaronder de families Riezeboer, Blok, Huizer en Van Prooyen. Tegelijkertijd vertrokken gezinnen naar Amsterdam, waardoor de gemeente in één jaar bijna 80 zielen verloor. Dit, in combinatie met de agrarische crisis, leidde tot ernstige financiële tekorten, waardoor de kerk in 1880 ondersteuning van de classis nodig had voor de instandhouding van de diensten. Klaas Vlaming speelde een belangrijke rol in het bijeenhouden van de gemeente in deze turbulente tijd.
Ontwikkelingen en Splitsingen (1880-1920)
In de Nederlandse Hervormde Kerk ontstonden ontwikkelingen die ook gevolgen hadden voor de gemeente van de Afgescheidenen. In december 1884 vestigde G.W. Akkerhuis jr., een evangelist van de Nederlandse Hervormde Kerk, zich in de polder en gaf zondagsschool en hield godsdienstoefeningen. In 1886 bezocht dr. Abraham Kuyper de polder om de "reformatie der kerk" te regelen. Op 2e Kerstdag 1887 werden de ambten ingesteld, met G.W. Akkerhuis Sr. en L. van Dijk als ouderlingen, J. Koole en A. als diakenen.
De Dolerenden probeerden Afgescheidenen te winnen voor hun "Evangelisatie" aan de Zandvaart te Breezand. Ondanks pogingen tot samenwerking in de jaren 1892-1898 slaagde een fusie van de groeperingen in Anna Paulowna niet, mede door schuldenlast en persoonlijke onenigheid. Vanaf 10 maart 1848 werd geadviseerd om individueel aansluiting te zoeken bij de kerk in de Gelderse buurt, die de gereformeerde kerk van Anna Paulowna werd. De kerk aan de Zandvaart werd een "Evangelisatie" van de Nederlandse Hervormde Kerk.
Vanaf 11 april 1898 zijn de notulen van de kerkenraad bewaard gebleven. Klaas Vlaming werd opnieuw voorzitter. De zitplaatsen in de kerk werden verhuurd. De gemeente had nog steeds geen eigen predikant. Aangezien de gemeente in de polder en die van Heerhugowaard dachten een half predikantssalaris bijeen te kunnen brengen, drong de classis aan op het gezamenlijk beroepen van één predikant.
In 1901 was er onrust omdat een deel van de gemeente zich wilde aansluiten bij de Christelijk Gereformeerde Kerk, waaronder Jan Voorthuizen. Pogingen voor een afzonderlijke Chr. Geref. Kerk mislukten. In hetzelfde jaar werd voor het eerst gesproken over de oprichting van een "school met den bijbel". Het verzamelen van geld hiervoor was een uitdaging.
In 1915 leek er een predikant te komen met steun van classis en provincie, maar het grote tekort aan predikanten en het uitgestrekte werkterrein maakten dit onwaarschijnlijk. De kerken wilden een evangelist als "oefenaar" beroepen, maar de classis steunde alleen de "inrichting van de volle bediening des woords". In hetzelfde jaar vestigden zich de eerste gezinnen die zich met bloembollencultuur bezighielden in de polder.

De Eerste Predikanten en Groei (1920-1947)
In 1920 werd, met 62 leerlingen, de christelijke school gestart. Reinder Pos uit Purmerend werd aangesteld als evangelist, die zich bezighield met huisbezoek, catechisatie, bijbellezingen en lectuurverspreiding. Dit leidde tot de beslissing tot de bouw van een nieuwe kerk. Op 12 juni 1929 werd de eerste steen gelegd, en op 16 oktober werd het nieuwe gebouw ingewijd.
Op de plaats van de oude kerk werd een pastorie gebouwd. Op 5 juli 1931 deed de eerste predikant, ds. S.U. Zuidema, intrede. De financieel goede jaren voor bloembollenkwekers waren voorbij, en de economische crisis van de jaren dertig deed de armoede in de polder toenemen. Ds. Zuidema vertrok in 1935 naar Nederlands-Indië. Zijn opvolger, ds. E. Jansen, werd na een jaar ziek en verklaard.
In 1938 kwam ds. Jac. van Nieuwkoop naar Anna Paulowna. Hij bracht rust in de gemeente na de ziekte en het afscheid van ds. Jansen. Tijdens zijn ambtsperiode beleefde de gemeente de Tweede Wereldoorlog, met alle bijbehorende onzekerheden en moeilijkheden. Tegelijkertijd ontstonden er ernstige tegenstellingen in de gereformeerde kerken over de opvatting van doop en genadeverbond, leidend tot de Vrijmaking.
Ds. Blokland, die zich achter de synodebesluiten schaarde, vertrok met 30 leden uit de kerk. Op 20 februari 1947 werd de vrije-gemaakte kerk geïnstitueerd, met ds. Blokland als predikant. Op 29 februari 1948 deed de nieuwe predikant, ds. H.P. Rutgers, intrede.
Hoe is dierendag ontstaan?
Consolidatie en Fusie (1948-heden)
Tijdens het ambtsperiode van ds. Rutgers werd in 1960 besloten de oude kerk te vervangen door een nieuwe, die in 1969 in gebruik werd genomen. Ds. Rutgers ging datzelfde jaar met emeritaat, gevolgd door een vacatureperiode. Achtereenvolgens waren kandidaat T. Zoutman, predikantenechtpaar H.E. Smit en F. Smit-Kruize, ds. mevr. G. Jongsma, ds. D. van der Vaart en ds. mevr. J. de Jager verbonden aan de Gereformeerde Kerk.
Op 11 december 2008 fuseerden de Gereformeerde Kerk en de Hervormde Gemeente tot de Protestantse Gemeente Anna Paulowna.
De GKV Hoeksteen, de Nederlandse Gereformeerde Kerk in Breezand, viert vijf keer per jaar het Heilig Avondmaal. Iedereen is welkom om deel te nemen, met de erkenning dat Jezus nodig is.
De Scipio app wordt gebruikt om gemeenteleden op de hoogte te houden van gebeurtenissen binnen de gemeente.