Tom Mikkers begon zijn academische loopbaan met een rechtenstudie aan de Universiteit Leiden. Na anderhalf jaar maakte hij echter de overstap naar de faculteit godgeleerdheid. Hier behaalde hij zowel het doctoraal examen levensbeschouwing als godgeleerdheid. Tijdens zijn theologische studie richtte hij samen met een medestudent een bureau op voor niet-kerkelijke trouwplechtigheden, waarmee zij tot de eerste aanbieders van dit soort diensten in Nederland behoorden.
Mikkers verliet de Rooms-Katholieke Kerk en werd lid van de Remonstrantse Broederschap met het oog op een predikantschap binnen deze kerk. Hij diende als remonstrants predikant in Eindhoven van 1997 tot 2000, in Amsterdam van 2000 tot 2004, en in Delft van 2006 tot 2011. Naast zijn werk als predikant was Mikkers acht en een half jaar, van 2008 tot 2016, algemeen secretaris van de Remonstrantse Broederschap.
Vernieuwende Projecten en de Spaanprijs
In 2011 werd Tom Mikkers onderscheiden met de Spaanprijs, een tweejaarlijkse mediaprijs voor christelijke communicatie. Deze prijs ontving hij vanwege zijn vernieuwende kerkelijke projecten. Tot deze projecten behoorden de glossy Arminius, uitgegeven ter gelegenheid van de 400ste sterfdag van Jacobus Arminius en 400 jaar Remonstrantie. Ook werkte hij mee aan de liedbundel en cd LICHT met Coot van Doesburgh, een cd van Karin Bloemen (beide in 2010), en organiseerde hij de Nacht van de Theologie.

Het Neologisme 'Religiestress'
In 2012 bedacht Tom Mikkers het woord religiestress. Dit neologisme werd opgenomen in de race voor het woord van het jaar 2012.
Mediaoptredens en Samenwerking met de EO
In de jaren 2015 en 2016 was Mikkers lid van het levensbeschouwelijk panel in het tv-programma De Nieuwe Wereld (EO-IKON). In 2016 maakte hij ook deel uit van het panel in het tv-programma De Tafel van Tijs (EO).
In september 2016 begon Mikkers als programmamaker bij de EO. Zijn komst veroorzaakte enige ophef en onrust bij de behoudende achterban van de Evangelische Omroep. Er bestond vrees dat de EO, door de aanstelling van de voormalig voorman van de vrijzinnige remonstranten en een getrouwd homoseksueel, van koers zou veranderen en vrijzinniger zou worden. Ondanks publieke protesten van behoudende EO-prominenten, bleef de directie van de omroep Mikkers steunen.
Mikkers werkte bij de EO tot de zomer van 2019. Vervolgens maakte hij de overstap terug naar het predikantschap en trad hij aan als voorganger van de Vrijzinnige Geloofsgemeenschap NPB in Wassenaar.
Saskia Belleman moet weg bij De Telegraaf en DIT is de reden
Terugkeer bij de EO en Conceptontwikkeling
Sinds zijn vertrek bij de EO is Mikkers actief in het nieuwsforum van het NPO Radio 1 programma Langs de Lijn en Omstreken. Eind 2020 was hij de bedenker van de Nationale Nieuwjaarszegen, die door de EO op televisie werd uitgezonden. Dit leidde ertoe dat hij, aanvankelijk naast zijn werk als predikant in Wassenaar, weer aan de slag ging bij de EO als conceptontwikkelaar en bedenker van nieuwe programma's. Sinds 2023 is hij fulltime werkzaam bij de EO, met een focus op geloofsgerelateerde titels en projecten.
Afscheid als Algemeen Secretaris van de Remonstranten
Tom Mikkers beëindigde zijn werkzaamheden als algemeen secretaris van de Remonstranten in de zomer van 2016, na er ruim acht jaar werkzaam te zijn geweest sinds 1 maart 2008. Zijn vertrek viel samen met het einde van het beleidsplan dat gericht was op ledenwerving en groei. Onder zijn leiding werd de krimp van het kerkgenootschap tot stilstand gebracht. De Remonstranten telden destijds ruim 5000 leden en vrienden, verdeeld over ongeveer veertig gemeenten. Mikkers gaf aan dat hij na acht jaar het gevoel had alles gegeven te hebben wat hij kon.
Tijdens zijn periode als algemeen secretaris was Mikkers een drijvende kracht achter initiatieven die aanzienlijke publiciteit kregen, zoals de liedbundel Licht, de Nacht van de Theologie, de glossy Arminius, een debat met Paul Verhoeven over zijn Jezusboek met remonstrantse theologen, en een Songfestivaldienst. De achterliggende gedachte bij deze evenementen was het combineren van elementen die bij de kerk horen met elementen die dat niet direct doen. Hij werkte hierbij samen met tekstdichter Coot van Doesburgh en zangeres Karin Bloemen.

Visie op de Remonstrantse Kerk
Mikkers benadrukte het belang van de zelfstandige positie van de remonstrantse kerk. Hij stelde dat de kerk geen doel op zich is, maar dat als de remonstrantse kerk niet zou bestaan, deze uitgevonden zou moeten worden. Hij beschreef de kerk als een plek waar het geloof serieus wordt genomen, maar waar ook ruimte is voor periodes zonder geloof. De kerk biedt een omgeving waar geloof kan ontstaan zonder drammerig te zijn, met veel vrijheid voor individuele expressie.
Een vraag die Mikkers gedurende zijn loopbaan als predikant bezighield, was hoe een kerk die zo open, modern en bij de tijd is, tegelijk tot de meest vergrijzende behoort. Hij vond hierin een antwoord: na de culturele omwenteling van de jaren zestig en zeventig werden kinderen van leden niet meer automatisch lid van de kerk van hun ouders. Remonstrantse ouders moedigden hun kinderen altijd al aan om zelf te kiezen, en vanaf de jaren zeventig namen de kinderen deze keuze serieus en verlieten ze de kerk. De huidige werkwijze van de Remonstranten neemt dit zelf kiezen van mensen serieus; men kan direct meedoen zonder een langdurig inwijdingsproces.
Kritiek en Marketingstrategie
Er was binnen de Remonstranten ook kritiek op de nieuwe aanpak. Sommigen vonden de methoden te populair, oppervlakkig, weinig literair, individualistisch ("mijn God") en met te weinig diepgang, en vroegen zich af of dit nog wel remonstrants was. Mikkers verklaarde dat "Mijn God" een openingszet is om contact te leggen en mensen niet meteen weg te jagen. Hij was niet aangenomen om op dezelfde voet door te gaan.
Na vijf jaar realiseerde Mikkers zich dat hij door zijn 'kunstjes' heen was en dat dit niet had geleid tot een stop van de ledendaling. Op advies van dierbaren, zoals zijn man Peter, die benadrukte dat leden de bestaansrecht van de organisatie vormen, en Cees de Monchy, die wees op een mogelijk marketingprobleem, schakelde hij externe deskundigen in, zoals het bureau Motivaction. De focus verschoof van 'zinzoekers', die afhaakten bij het horen over Jezus of de kerk, naar mensen die zich nog aan de rand van de kerk bevinden en op het punt staan af te haken. Deze nieuwe campagne resulteerde in groei in 18 gemeenten en een grotere beweging rondom de kerk.
Mikkers gaf aan dat het een logisch moment was om te resetten, aangezien het beleidsplan afliep. Hij had oorspronkelijk een termijn van vijf jaar voor ogen, maar werkte er ruim acht jaar met veel plezier. Hij voelde dat hij zijn bijdrage had geleverd en dat langer blijven een herhaling van zetten zou zijn. Hij merkte ook dat hij na zijn vertrek weer meer zichzelf kon zijn.

Toekomstplannen
Na zijn vertrek bij de Remonstranten had Mikkers nog geen concrete plannen. Hij gaf aan dat hij even los moest weken van zijn vorige functie en hoopte op iets dat een logisch gevolg was, mogelijk op het gebied van communicatie of religie.
In de vensterbank van zijn werkkamer stond een ingelijste miniposter met de tekst "Mijn God houdt van Audi", een cadeau van collega's bij aanvang van de publiekscampagne, dat diende om de zaak te relativeren.