De geschiedenis van de Gereformeerde Kerk in Wilnis wordt gekenmerkt door periodes van interne onrust, veranderingen in kerkelijke structuren en de voortdurende zoektocht naar een eigen identiteit en kerkgebouw. Al vroeg, in februari 1836, meldde een rapport van de hervormde classis Utrecht een 'overhelling tot afscheiding' in Wilnis, wat duidde op de invloed van de Christelijke Afgescheidene Gemeente die in 1836 in Kockengen werd geïnstitueerd. Hoewel de 'separatisten' in de classis Utrecht destijds als 'weinig invloed hebbende personen' werden beschouwd, bleef de beweging aanwezig. Ruim dertig jaar later, in november 1869, merkte de kerkenraad van de Afgescheiden Gemeente van Kockengen op dat leden uit Wilnis nauwelijks meer ter kerke kwamen. De voorkeur ging uit naar de Christelijke Afgescheidene Gemeente te Uithoorn, die sinds 1852 bestond.
Onrust binnen de Hervormde Kerk
Naast de bewegingen rondom de Afscheiding, was er ook later onrust over de koers van de hervormde kerk, met name wat betreft de kerkregering. Het Algemeen Reglement voor het Bestuur der Hervormde Kerk, dat in 1816 door de overheid was opgelegd, centraliseerde de macht bij de Algemeene Synode en de provinciale en classicale besturen, ten koste van de plaatselijke gemeenten. De naam van de kerk werd gewijzigd in Nederlandsche Hervormde Kerk, met de koning als hoofd. Gaandeweg ontstonden er bezwaren tegen de toenemende vrijzinnigheid binnen de kerk, mede gefaciliteerd door de flexibele formulering van de proponentsformule ten opzichte van de belijdenisgeschriften.
De Doleantie en de Vorming van een Gereformeerde Gemeente
Een belangrijke wending vond plaats in 1887, toen de orthodoxe predikant ds. J.J. Westerbeek van Eerten, destijds consulent in Wilnis, op 2 mei 1887 het verband met de hervormde kerk verbrak en zich aansloot bij de Doleantie. Dit leidde tot een complexe situatie waarin de kerkenraad van Wilnis genoodzaakt was een andere predikant, ds. N.A. van Wijngaarden, te vragen voor de catechisaties. Echter, een aantal ouders gaf de voorkeur aan ds. Westerbeek van Eerten, wat resulteerde in twee predikanten die catechisaties gaven: een hervormde en een Dolerende. Dit leidde tot een klacht van ds. Van Wijngaarden bij het classicaal bestuur, met als gevolg dat het ds. Westerbeek van Eerten verboden werd kerkelijk onderricht te geven en te preken in het hervormde kerkgebouw.
De Doleantiebeweging, geleid door dr. A. Kuyper, vond ook weerklank in Wilnis, met name bij de diakenen (en kerkvoogden) W. van Sevenhoven en K. van der Vliet. Hun 'kerkontbindende activiteiten' werden door het classicaal bestuur gesommeerd te staken. Van Sevenhoven legde zijn ambt neer en Van der Vliet werd geschorst. Door het overlijden van een ander kerkenraadslid waren er in hervormd Wilnis geen ouderlingen meer in functie. Dit gaf de classis aanleiding om een nieuwe kerkenraad te benoemen. De betreffende gemeenteleden zagen dit echter als een brug te ver en organiseerden op 20 februari 1888 een vergadering om de plannen voor de Doleantie te bespreken. Er werd besloten om onder leiding van ds. Westerbeek van Eerten ambtsdragers te kiezen. C. Spruyt en W.G. Schröder werden gekozen tot ouderling, en K. van der Vliet en W. van Sevenhoven tot diaken.
Op 25 maart 1888 bevestigde ds. Westerbeek van Eerten de nieuw gekozen ouderlingen en diakenen in hun ambt. Met de instituering van de kerk en de noodzaak van rechtspersoonlijkheid, wat via de toenmalige wettelijke regels voor de Dolerende Kerken niet mogelijk was, werd op het Gereformeerd Kerkelijk Congres in Amsterdam in 1887 aangeraden een Vereeniging 'De Kerkelijke Kas' op te richten. Dit gebeurde ook in Wilnis op 23 december 1889. De vergaderingen van 'De Kerkelijke Kas' verliepen in goede harmonie, meestal in de woning van 'vriend Westveen'.
De Bouw van een Eigen Kerkgebouw
De eerste kerkdiensten vonden plaats in de Christelijke School aan de Dorpsstraat. Vanwege de onhoudbare situatie werd er al snel nagedacht over de bouw van een eigen kerk. Na overweging om een woning te kopen en te verbouwen, werd besloten een noodkerk te bouwen met plaats voor ongeveer 300 kerkgangers. In de loop van 1890 werd achter de christelijke school een houten noodkerk gebouwd door de fa. Haring en Van Ackooy voor fl. 2.534. Het gebouw was ongeveer zestien meter lang, negen meter breed en 4,5 meter hoog, met een puntdak van 8 meter en zelfs een galerij.
Om de gemeentezang te begeleiden, werd voor fl. 140 een orgel aangeschaft bij A. van Oostrum te Maarseveen. J.J. Beukenkamp werd aangesteld als organist, hoewel de kerkenraad vond dat dit buiten de bevoegdheden van De Kerkelijke Kas viel.
De Komst van een Predikant en de Eenwording
In 1888 gaven de gemeenteleden aan klaar te zijn met het 'preeklezen' door ouderlingen en wensten zij een eigen predikant. De inschrijving voor dit doel leverde echter niet direct een beroepen predikant op. Na diverse 'bedankjes' werd uiteindelijk besloten een oefenaar aan te stellen. Men kwam uit bij oefenaar C. Boon uit Bodegraven, die op 26 februari 1893 in zijn ambt werd ingeleid. Zijn jaarsalaris bedroeg fl. 750 met vrij wonen. Hij werd uiteraard tot ouderling verkozen en diende de kerk van Wilnis ongeveer vijf jaar, waarbij hij ook voorzitter was van het schoolbestuur. Oefenaar Boon overleed op 14 april 1898.
Ondertussen vonden er op landelijk niveau onderhandelingen plaats tussen de synodes van de Christelijke Gereformeerde Kerk en de Nederduitsche Gereformeerde Kerk uit de Doleantie. Op 17 juni 1892 werd de eenwording tot 'De Gereformeerde Kerken in Nederland' geproclameerd tijdens een gezamenlijke synodevergadering in de Amsterdamse Keizersgrachtkerk. De broederhand werd elkaar gereikt door ds. S. van Velzen en dr. A. Kuyper.
Verdere Ontwikkelingen en Nieuwe Kerkgebouwen
Na het overlijden van oefenaar Boon werd het beroepingswerk hervat. Pas het achtste beroep leverde het gewenste resultaat op: kandidaat J. van Lonkhuyzen (1873-1943) uit Heteren werd beroepen en deed op 23 april 1899 intrede. Tijdens zijn predikantschap stelde de kerkenraad zes vragen aan hen die belijdenis wilden afleggen, waarbij het antwoord op vraag vijf de belofte inhield deel te nemen aan het avondmaal. Dit was voor sommigen een te grote stap, daar avondmaalsmijding voorkwam.
Binnen tien jaar voldeed het orgel uit 1890 niet meer aan de eisen. Er werd geld ingezameld voor een nieuw instrument, waarvoor fl. 142 werd bijeengesprokkeld. De kerk van Wilnis maakte ook de overgang naar vaste kerkelijke bijdragen in plaats van collecteren. Er werd gecollecteerd voor de Theologische School in Kampen, de Vrije Universiteit en de zending op Soemba.
Op 31 maart 1902 nam ds. Van Lonkhuyzen afscheid wegens vertrek naar Aarlanderveen. Na vijf vergeefse beroepen werd ds. W.A. Willemse (1865-1930) van Oudega beroepen en deed op 11 oktober 1903 intrede. Bij zijn verhuizing naar Wilnis kwam de boot met zijn huisraad vast te zitten in de sloot tussen Breukelen en Wilnis, maar gemeentelid Haring wist de boot vlot te trekken.
In 1910 werd het plan opgevat om de houten noodkerk te vervangen door een stenen kerk. Architect Rothuizen maakte tekeningen en berekeningen, maar de geschatte kosten van fl. 15.000 voor grond en nieuwbouw van kerk en pastorie waren te hoog. Besloten werd af te zien van een nieuwe pastorie. De fa. Haring en De Liefde waren de laagste inschrijvers voor de nieuwbouw van de kerk. De kerkenraad drong aan op fatsoenlijk gedrag van de bouwvakkers. De eerste steen werd gelegd door ds. Willemse. De ingebruikneming van de nieuwe kerk was op 20 november 1912. De houten kerk werd voor fl. 400 verkocht aan de fa. Haring.
Het jaar na de ingebruikneming van de nieuwe kerk werd het vijfentwintigjarig bestaan herdacht, waarbij ds. Westerbeek van Eerten een preek hield.
Latere Predikanten en Vernieuwingen
Op 19 september 1954 deed kandidaat P.A. Bohlmeijer (1922-2016) intrede. In 1955 kon de kerkenraad niet akkoord gaan met een gemeenschappelijke Kerstdienst met de hervormden, maar het jaar daarop wel. Halverwege de jaren vijftig werd de kerk voorzien van heteluchtverwarming en kwamen collectezakjes in plaats van hengelstokken. Ritmisch zingen deed zijn intrede. In 1958 werd de kerk geverfd, waardoor de diensten tijdelijk in gebouw De Eendracht moesten plaatsvinden.
Op 8 maart 1959 deed kandidaat G. de Vries (1926-2011) intrede. Zijn vrouw was mede-oprichtster van de afdeling Wilnis van het Vrouwen Zendings Thuisfront. Het echtpaar deed veel voor het jeugdwerk en nam deel aan festiviteiten ter gelegenheid van Koninginnedag, samen met hun hervormde collega ds. A.O. Zijlstra. Ondanks goede lokale verhoudingen, ontstond er enige ophef over het feit dat het catechisatieboekje ook in de hervormde kerk gebruikt werd.
Na acht vergeefse beroepen deed ds. J.P. Rozendal (1909-1977) op 18 oktober 1964 intrede. Het 'orgeldrama' van 1969, waarbij het kerkorgel aan onderhoud of vervanging toe was en een Friese firma het orgel niet wilde meegeven, leidde tot de aanschaf van een tijdelijk elektronisch instrument bij de fa. De Boer te Bussum voor bijna fl. 21.300, geplaatst achter het oude orgelfront.
Tijdens ds. Rozendals periode werden in 1966 de '119 Gezangen' en later de nieuwe psalmberijming in gebruik genomen. In mei 1969 werd mevr. L. de Geus-Bras als eerste vrouwelijke diaken bevestigd.
De periode na het vertrek van ds. Rozendal in 1970 was niet gemakkelijk voor de kerk van Wilnis. Groepsvorming leidde tot meningsverschillen, waardoor de avondmaalsviering moest worden uitgesteld. De problemen werden opgelost, en het jaar werd afgesloten met de eerste vrouwelijke voorganger op de preekstoel: ds. mevr. E.G. van Egmond.
In augustus 1971 werd besloten het avondmaal in de banken te vieren, in plaats van aan tafels voorin de kerk. Kinderen werden vooralsnog niet toegelaten tot het avondmaal. De eerste vrouwelijke ouderling kwam in de kerkenraad.
Het kerkgebouw werd goed onderhouden. In 1972 werd aan de achterkant het verenigingsgebouw De Schakel bijgebouwd. De binnenkant van het kerkgebouw werd in 1976/77 volledig vernieuwd, inclusief muren, plafond, banken en vloer. De kosten bedroegen fl. 200.000. De verbouwing was klaar op 26 juni 1977.
Diepgaande samenwerking met de hervormde gemeente bleek nauwelijks mogelijk vanwege te grote verschillen. Het Samen-op-Wegproces verliep moeizaam.
Samenwerking en Moderne Ontwikkelingen
Ds. L.A. Woltering (*1949) deed op 24 december 1978 intrede en diende zes jaar in Wilnis. In deze periode hield de kerk zich bezig met de problematiek van kernbewapening. Contacten met een kerk in Oost-Duitsland werden aangehaald, terwijl de gezamenlijke kerstbijeenkomsten met de hervormde gemeente werden afgeschaft.
In 1981 werd een Bevington-orgel uit Londen aangekocht voor fl. 55.000. Ds. Woltering nam op 24 juni 1984 afscheid van Wilnis.
In de jaren daarna volgden diverse predikanten: ds. E. Zijlstra (*1948) (1984-1989), ds. M. Dijkstra (*1946) (1990-1991), ds. J.P. van Riessen (1992-1999), ds. Mw. G. Jongsma (*1951) (2000-2017) en ds. P. ...
In 2011-2012 werd het liturgisch centrum opnieuw aangepakt. De verhoging werd verkleind, de kansel verdween en de banken in de zijbeuken werden gehalveerd. Het houtwerk van de oude kerkbanken werd gebruikt voor het nieuwe liturgische centrum. De historische kanselbijbel kreeg een vaste plaats op de liturgietafel.